ロボット型
ロボット型は、その名の通り「ロボット」がサイトを自動巡回して、サイトの情報を持ち帰り、インデックス（目次）に登録しているものです。この「ロボット」は、一般的に「スパイダー」や「クローラー」といった名前で呼ばれます。
自分から登録を行っていなくても、商品名などで検索すると自分のショップが表示されるのは、このロボット型の登録によるものです。ロボットがショップにやってきてソース（HTML）を自動で読み、登録しています。
審査などは無く、基本的に必ず登録されますが、ロボットに認識されるまでに時間がかかってしまうことがあるため、作りたてのサイトは検索結果に表示されないことがあります。
ロボットに認識してもらいやすいように、ソース（HTML）に含まれるタグを書き換えるなどの対策をすることもSEO対策の手法のひとつです。しかし、サイトの内容と全く異なる不自然なタグをソースに入れて表示順位を高くしようとしたりすると、ロボットにスパム（不正なサイト）と判断されて、検索しても表示自体をしてもらえなくなることがあります。
ディレクトリ型
検索エンジンのカテゴリに沿って、手動で登録するものです。Yahoo! JAPANや Googleに登録を申請すると、エディタと呼ばれる審査スタッフによってサイトが適切かどうかを審査され、その後登録されます。
審査により合格したサイトのみが登録されるため、ロボット型に比べ登録サイト数は少なくなります。